Présentation de la formation

Le but principal de cette formation est de vous donner des outils pour faciliter le développement de code (performant) avec R. L’aspect “performance” arrivera dans un deuxième temps, et les premiers outils présentés sont également très utiles dans des situations ne faisant pas intervenir de temps de calculs importants.

Nous allons centrer la présentation de ces outils de développement autour de la notion de package. Vous connaissez déjà cette notion, car vous avez déjà installer des packages depuis le CRAN par exemple. Vous savez également que c’est le moyen le plus standard dans R pour mettre à disposition du code. Nous allons vous montrer que le package est également un excellent outil pour développer le code.

Nous allons adopter le plan suivant :

  1. Construire un package

  2. Tracer les changements, partager son code, développement collaboratif et automatiser les tests dans un package

  3. Mesurer le temps de calcul

  4. Profiler le code

  5. Utiliser Rcpp pour optimiser ce qui doit l’être

  6. Paralléliser facilement le code

Afin de suivre cette formation, il est nécessaire de disposer des logiciels suivants :

  • la dernière version de R (https://cloud.r-project.org/)

  • la dernière version de RStudio (https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/#download)

  • un compilateur C++ (tel que gcc ou clang - natif sous les système UNIX, pour les utilisateurs Windows nous recommandons l’installation de Rtools, pour les utilisateurs Mac il peut être nécessaire d’installer les outils de développement Apple comme suggéré ici)

  • les packages R suivants : devtools, doParallel, itertools, microbenchmark, profvis, Rcpp, RcppArmadillo, roxygen2, testthat, mvtnorm

  • le client GitHub Desktop

  • le logiciel git